在科研竞争日益激烈的今天，单纯的数据堆砌已难以呈现高分文章。真正打动审稿人的，不仅是“看到了差异”，更是能否将差异串联成逻辑严谨、机制明确、以及具有转化潜力的“完整故事”。单细胞测序与蛋白组学的结合，正成为实现这一目标的“黄金组合”。

单细胞+蛋白组 如何做到 1+1＞2？

单细胞测序擅长回答“谁不一样”，精准解析细胞异质性，发现新亚群或发育轨迹；而蛋白组学则进一步揭示“为什么不一样”，从功能层面阐明分子机制与信号通路。二者联合，不仅能从“相关”推断“因果”，更能构建起多维度、高说服力的科学叙事。

文章三境界：从现象到机制，再到转化

1、第一重：现象观察型

研究目标：临床发现、细胞图谱绘制。

数据特点：单细胞转录组揭示异质性，蛋白组验证与补充。

学术价值：提供新的生物学视角，成为后续研究的“线索库”。

应用案例：卵巢癌分子亚型细胞图谱构建

本研究结合了基于质谱的蛋白组学和单细胞转录组测序（scRNA-seq）分析，提供了全面的分子特征和细胞生态系统视图。通过整合分析，识别出四种具有不同临床相关性的蛋白质亚型，详细描述了C2亚型的免疫细胞组成，发现CD40是C2亚型的特定预后因子，并且CD40+吞噬样巨噬细胞与CD40RL+IL17R CD4+T细胞的相互作用与良好预后相关。

2、第二重：机制探索型

研究目标：在现象的基础上，提出并验证潜在机制。

数据特点：单细胞发现差异，结合蛋白组学等，指向通路和调控网络。

学术价值：不仅“看见差异”，更“解释为什么”。

应用案例：肺纤维化再生机制

本研究通过新型脂质纳米颗粒（LNP）递送mRNA生成瞬时CAR-T细胞，成功清除肺纤维化中的过度活化成纤维细胞，并利用多组学技术全面解析了肺泡再生与免疫重建机制：蛋白质组学锁定纤维化与修复的关键靶点，主要富集在 ECM调节、炎症和免疫相关通路，为揭示肺泡再生治疗机制提供了分子证据；单细胞转录组测序（scRNA-seq）绘制肺再生细胞图谱与揭示免疫微环境重塑机制，精准解析治疗后肺泡上皮细胞、成纤维细胞及免疫细胞亚群的重编程，以及机体治疗后打破ECM硬化微环境，通过清除过活化的成纤维细胞破坏炎症纤维化循环的药效作用，与蛋白组学结果一致。（拜谱生物为该研究提供了单细胞转录组和蛋白组学技术服务）

3、第三重：转化应用型

研究目标：从现象到机制，再到应用落地。

数据特点：单细胞转录组与蛋白组，结合预后模型。

学术价值：不仅解释机制，更为精准医疗提供检测方法以及治疗策略。

应用案例：早期子宫内膜癌预后预测模型

子宫内膜癌（EC）是全球女性健康的重大威胁，多组学技术的应用有助于识别更有意义的生物标志物，但很少有研究关注预后蛋白和肿瘤微环境（Tumor Microenvironment, TME）。本研究运用蛋白组学检测分析方法筛选差异表达蛋白（DEPs），采用单细胞转录组（scRNA-seq）进行细胞类型鉴定、差异表达基因（DEGs）分析以及细胞间相互作用研究，通过免疫组化（IHC）验证预后蛋白表达，并利用TCGA数据库数据进行外部验证和预测模型构建。提升了早期EC患者的预后风险分层水平和个性化治疗的诊断效能。

如何实现“单细胞+蛋白组”联用？

拜谱生物提供基于10x Genomics和墨卓双平台的单细胞转录组与蛋白组（覆盖定量蛋白组、靶向蛋白、多肽组及药靶发现）整合解决方案，助你打破单一组学局限，从多维度还原细胞功能全景，支撑从机制探索到临床转化的全链路研究。

单细胞与蛋白组的联用，不再是简单的“数据叠加”，而是通过系统性的整合分析，把科研故事讲完整、讲深入、讲出应用价值。这才是打开顶刊之门的“钥匙”。

参考文献：

[1]Tan R, Wen M, Yang W, et al. Integrated proteomics and scRNA-seq analyses of ovarian cancer reveal molecular subtype-associated cell landscapes and immunotherapy targets. Br J Cancer. 2025;132(1):111-125. doi:10.1038/s41416-024-02894-2

[2]Yan J, Wang SY, Su Q, et al. Targeted immunotherapy rescues pulmonary fibrosis by reducing activated fibroblasts and regulating alveolar cell profile. Nat Commun. 2025;16(1):3748. Published 2025 Apr 21. doi:10.1038/s41467-025-59093-7

[3]Mao, Xiaodan et al.“Multi-omics profiling reveal cells with novel oncogenic cluster, TRAP1low/CAMSAP3low, emerge more aggressive behavior and poor-prognosis in early-stage endometrial cancer.”Molecular cancer vol. 23,1 127. 17 Jun. 2024, doi:10.1186/s12943-024-02039-2