宏转录组

宏转录组是指粪便、土壤、海水等宏样本在特定时空条件下的所有微生物的RNA集合。宏转录组可以获取微生物种属信息及基因表达信息,相比宏基因组,宏转录组测序可以获取不同环境条件下正在发生变化的微生物、转录本和功能,揭示微生物响应环境变化的作用机制。

 

实验流程:

宏转录组 

 

拜谱生物提供服务:

宏转录组测序,数据量10G

宏转录本的组装,获得 Unigene 库;

Unigene表达量分析和差异表达基因分析;

CDS预测;

Unigene功能注释和差异表达基因功能注释分析;

物种分类,获得各分类水平上的物种组成和相对丰度。

 

应用方向:

疾病标志物筛查、疾病机制研究、药理及药效分析、环境研究等

 

样本要求:

样本类型:细菌,组织,环境样品,总RNA等;

RNA总量:≥ 5 μg,浓度:≥50ng/μl

 

参考案例

Söllinger A, Séneca J, Borg Dahl M, et al. Down-regulation of the bacterial protein biosynthesis machinery in response to weeks, years, and decades of soil warming. Sci Adv. 2022;8(12):eabm3230

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