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SmallRNA测序服务

Small RNA包括:microRNA、ncRNA、siRNA、snoRNA、piRNA、rasiRNA等等。Small RNA通过多种多样的作用途径,包括mRNA降解、翻译抑制、异染色质形成以及DNA去除,来调控生物体的生长发育和疾病发生。Small RNA转录组测序是鉴定和定量解析small RNA的新方法和有力工具。

 

技术特点:

1.可以直接从核苷酸水平上研究Small RNA分子,不存在传统芯片杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题,非常利于区分相同家族以及序列极为相似的不同Small RNA分子;

2.可以对任意物种进行高通量分析,无需任何预先的序列信息以及二级结构信息。

3.灵敏度高,测序通量大,为Small RNA分子的发现和研究提供了极大的数据深度与覆盖率,能够检测丰度极低的稀有转录;

4.测序产生的原始数据可以与多种分析软件兼容,可以注释Small RNA的基因组信息,并分析其表达水平,能够随时使用公用Small RNA数据库注释已知的Small RNA,还可以进一步分析未匹配的数据,发现新的Small RNA种类及异构体,寻找更深入的研究信息。

 

实验流程:

SmallRNA测序服务

 

样本要求:RNA浓度≥200ng/ul RNA总量≥2ug 或 细胞数≥5ⅹ10^6

测序平台:HiSeq/NextSeq

数据量:20M reads

 

分析流程:

SmallRNA测序服务

 

标准分析

(1)数据过滤及比对

(2)MicroRNA的比对分析及预测

 

高级分析

(3)MicroRNA表达水平分析

(4)MicroRNA表达差异性分析

 

参考文献:

MicroRNA deep-sequencing reveals master regulators of follicular and papillary thyroid tumors,MODERN PATHOLOGY,2015

该研究通过对甲状腺肿瘤的small RNA测序分析,获得了滤泡性甲状腺肿瘤和乳头状甲状腺癌的microRNA表达谱。并提出了基于microRNA和临床病理学特征的表达的预测疾病复发的模型。确认了与无复发生存的新标记。

 

SmallRNA测序服务

Figure 1对68个标本的聚类分析

 

SmallRNA测序服务

Figure 2差异表达基因热图分析

 

SmallRNA测序服务

Figure 3亚型差异表达维恩图分析



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