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RIP-seq技术服务

RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀ChIP技术的类似应用,蛋白结合对象为RNA。RIP-seq即对富集得到的RNA片段进行高通量测序,是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术,是了解转录后调控网络动态过程的有力工具。

 

送样要求

1) RIP捕获的RNA>300ng,浓度>30ng/μL,体积>10μL,OD260/280为1.8-2.0,OD260/230为1.5-1.8;

2) 样品避免反复冻融,送样时使用足量的干冰运输;

 

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参考文献:

Genome-wide identification of Wig-1 mRNA targets by RIP-Seq analysis [J].Oncotarget. (2016) 7(2):1895-911.

 

本研究对正常与过表达Wig-1的两株细胞系(HCT116和Saos-2 cells)进行RIP-seq,以期找到Wig-1的靶RNA。结果表明,在HCT116和Saos-2细胞中分别获得了2335个和354个靶RNA,其中两者共有的靶RNA为286。但Wig-1-RNA复合物分布在所有表达的基因范围内(图1),说明Wig-1与靶RNA的结合与靶mRNA的表达水平没有相关性。此外,研究表明Wig-1与其靶mRNAs的结合是由位于转录本3′UTR区的ARE (AU富集元件) motifs调控的(图2)。

RIP-seq技术服务

图1: RIP-Seq富集分析在两细胞系中发现了286个共有的Wig-1靶mRNAs

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图2 Wig-1靶mRNA的3′UTR区域中的AU富集元件(AREs)


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