Illumina提供的mRNA测序技术可在整个mRNA领域进行各种相关研究和新的发现。mRNA测序不对引物或探针进行设计，可自由提供关于转录的客观和权威信息，并分析基因表达、cSNP、全新的转录、全新异构体、剪接位点、等位基因特异性表达和罕见转录等转录组信息。简单的样品制备和数据分析软件支持在所有物种中的mRNA测序研究。

mRNA测序的优势：

1.该方法适用于更广泛的动态范围，不仅可增加灵敏度，还可提高基因表达中测量的倍数变化的准确性。

2.可捕获已知特征和新发特征

3.可广泛应用于众多物种

技术特点：

1.除了计算基因的表达水平，更可以检测转录本的序列和结构变异。

2.测序深度的增加可以获得更广的动态检测范围，能够同时鉴定和定量高丰度转录本和低丰度转录本，信号强度的跨度可达6个数量级。

3. 除了检测已知转录本的表达水平外，还能够发现新的转录本。

4. 在应用于尚无参考基因组的物种时，可以通过从头组装发现新基因。

分析流程：

参考文献：

生殖干细胞是两代间的基因传递的关键。受精卵受精后是否能够获得生物全能性是很重要的，该研究运用ChIP-seq 、MeDIPseq及mRNA-seq对雌性生殖干细胞的调控机制进行了研究。通过对FGSCs和ESC进行表达水平分析、差异分析及功能分析等，为理解雌性小鼠生殖干细胞的表观遗传基本特征提供了基础。

Integrative epigenomic analysis reveals unique epigenetic signatures involved in unipotency of mouse female germline stem cells-Genome Biology-2016

EZH2可以通过抑制抑癌基因促进肿瘤的发生。在该研究中，通过mRNA测序分析，得知了EZH2的下调对胃癌细胞周期、增殖、转移等生物过程都有影响。确认了一种新的EZH2的靶基因ANXA6，该靶基因可抑制细胞增殖。（下图为对GC进行EZH2干扰后进行mRNA测序并进行表达差异性分析和GO功能分析）

Genome-wide transcriptional profiling analysis reveals annexin A6 as a novel EZH2 target geneinvolving gastric cellular proliferation-Molecular BioSystems-2015

拜谱生物收样表下载：转录组学送样表（拜谱生物）.xls