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LncRNA测序服务

长链非编码RNA(lncRNA)是一类转录本长度超过200 nt的RNA分子,它们不编码蛋白。LncRNA的表达受到发育调控,是组织和细胞特异的。相当一部分LncRNA只位于细胞核内。它们包含许多类型的转录本,在结构上类似mRNA,有时也转录成编码基因的反义转录本。LncRNA被认为执行了重要的调控功能,也与疾病发展息息相关。

 

技术特点:

1. LncRNA在不同的发育阶段LncRNA的表达水平不同

2. 在不同的癌组织或其他疾病中,LncRNA差异性表达

3. LncRNA的调控机制多元化、复杂性高,在细胞中存在数量是mRNA的3-100倍

 

LncRNA测序

LncRNA测序服务

 

样本要求:RNA浓度≥20ng/ul RNA总量≥2ug    或细胞数≥5X106

测序平台:HiSeq/NextSeq

数据量:10G

 

分析流程:

LncRNA测序

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标准分析

1.数据过滤及比对分析

2.转录本拼接

 

高级分析

1.LncRNA的筛选及分析

2.靶基因预测

3.差异基因GO/KEGG分析,推测突变基因富集在哪些代谢通路。

 

参考文献:

Identification of Potential Key Long Non-Coding RNAs and Target Genes Associated with Pneumonia Using Long Non-Coding RNA Sequencing (lncRNA-Seq): A Preliminary Study .Med Sci Monit,2016.9.24

 

通过对3组肺炎轻重程度不同(MP、SP、C)的病人外周血样品进行lncRNA测序,在进行差异表达分析后,与C组相比,MP组中有99例DE-lncRNAs(14例上调,85例下调),SP组85例(72例上调,13例下调)。 在这些DE-lncRNA中,与C组相比,在MP和SP组中,9个lncRNA都被上调。 根据DE-lncRNA和mRNAs的共表达分析,9个 lncRNA进行靶向预测得到868个基因。 RP11-248E9.5和RP11-456D7.1针对大多数基因,进行功能富集分析并阐述了其与炎症的相关性,以及发现了新的lncRNA:RP11-248E9.5和CTD-2300H10.2与肺炎的关联。表明它们可能是肺炎中的新潜在分子.

 

LncRNA测序

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                差异分析聚类图                     靶基预测图

 

Genome-wide Mapping and Characterization of Notch-Regulated Long Noncoding RNAs in Acute Leukemia,cell,2014.7.31

 

通过对T-ALL细胞系,初代T-ALL细胞以及初代T细胞进行lncRNA测序,经过分析得到了启动子上必须有H3K27ac,H3K4me3或H3K4me3的转录本,过滤下来的lncRNA进行后续的分析,识别到了1069个lncRNA,而且其中有一些lncRNA在T-ALL相对于正常T细胞来说是差异表达的。

 

得到差异表达的lncRNA后,作者挑选了潜在与lncRNA相互作用的蛋白,进行了ChIP-seq,并锁定了notch1与lncRNA有相互作用。之后通过抑制natch1的细胞系进行lncRNA-seq进行验证。得知了notch1直接作用于lncRNA,并锁定了关键lncRNA:LUNAR1。

 

作者通过Hi-C技术发现LUNAR1和它的邻居基因IGF1R发生了空间上的互作,得知在T-ALL中,Notch与IGF1R上的增强子元件结合,控制LUNAR1表达,形成空间上的物理互作,并进一步控制IGF1R的表达。

 

最后作者通过一系列的实验验证,证实了这种猜测,并给出了该机制的模型。

 

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LncRNA差异分析图    

 

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 ChIP-seq结果图


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