长链非编码RNA（lncRNA）是一类转录本长度超过200 nt的RNA分子，它们不编码蛋白。LncRNA的表达受到发育调控，是组织和细胞特异的。相当一部分LncRNA只位于细胞核内。它们包含许多类型的转录本，在结构上类似mRNA，有时也转录成编码基因的反义转录本。LncRNA被认为执行了重要的调控功能，也与疾病发展息息相关。

技术特点：

1. LncRNA在不同的发育阶段LncRNA的表达水平不同

2. 在不同的癌组织或其他疾病中，LncRNA差异性表达

3. LncRNA的调控机制多元化、复杂性高，在细胞中存在数量是mRNA的3-100倍

LncRNA测序

样本要求：RNA浓度≥20ng/ul RNA总量≥2ug    或细胞数≥5X106

测序平台：HiSeq/NextSeq

数据量：10G

分析流程：

LncRNA测序

标准分析

1.数据过滤及比对分析

2.转录本拼接

高级分析

1.LncRNA的筛选及分析

2.靶基因预测

3.差异基因GO/KEGG分析，推测突变基因富集在哪些代谢通路。

参考文献：

Identification of Potential Key Long Non-Coding RNAs and Target Genes Associated with Pneumonia Using Long Non-Coding RNA Sequencing (lncRNA-Seq): A Preliminary Study .Med Sci Monit，2016.9.24

通过对3组肺炎轻重程度不同（MP、SP、C）的病人外周血样品进行lncRNA测序，在进行差异表达分析后，与C组相比，MP组中有99例DE-lncRNAs（14例上调，85例下调），SP组85例（72例上调，13例下调）。 在这些DE-lncRNA中，与C组相比，在MP和SP组中，9个lncRNA都被上调。 根据DE-lncRNA和mRNAs的共表达分析，9个 lncRNA进行靶向预测得到868个基因。 RP11-248E9.5和RP11-456D7.1针对大多数基因，进行功能富集分析并阐述了其与炎症的相关性，以及发现了新的lncRNA：RP11-248E9.5和CTD-2300H10.2与肺炎的关联。表明它们可能是肺炎中的新潜在分子.

LncRNA测序

                差异分析聚类图                     靶基预测图

Genome-wide Mapping and Characterization of Notch-Regulated Long Noncoding RNAs in Acute Leukemia，cell，2014.7.31

通过对T-ALL细胞系,初代T-ALL细胞以及初代T细胞进行lncRNA测序,经过分析得到了启动子上必须有H3K27ac,H3K4me3或H3K4me3的转录本，过滤下来的lncRNA进行后续的分析,识别到了1069个lncRNA,而且其中有一些lncRNA在T-ALL相对于正常T细胞来说是差异表达的。

得到差异表达的lncRNA后，作者挑选了潜在与lncRNA相互作用的蛋白，进行了ChIP-seq，并锁定了notch1与lncRNA有相互作用。之后通过抑制natch1的细胞系进行lncRNA-seq进行验证。得知了notch1直接作用于lncRNA，并锁定了关键lncRNA：LUNAR1。

作者通过Hi-C技术发现LUNAR1和它的邻居基因IGF1R发生了空间上的互作，得知在T-ALL中,Notch与IGF1R上的增强子元件结合,控制LUNAR1表达,形成空间上的物理互作,并进一步控制IGF1R的表达。

最后作者通过一系列的实验验证,证实了这种猜测,并给出了该机制的模型。

LncRNA测序

LncRNA差异分析图    

LncRNA测序

 ChIP-seq结果图