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circRNA测序

circRNA是一大类非线性RNA,作为调控因子发挥着巨大作用。circRNA具有大量存在,进化保守,在细胞质中相对稳定的特点。这使得circRNA具有许多的功能,例如作为miRNA的海绵,绑定RNA形成RNA-蛋白复合物,调控基因的转录。circRNA测序能够在整体水平上解释样品中circRNA的分类信息、表达量信息等,通过分析其与miRNA的互作关系探讨ceRNA调控机制。

 

适用范围

1)作为ceRNA调控网络机制研究中的重要成员

2)从全血中检测circRNA来研究circRNA是否可以作为未来疾病诊断的biomarker

 

技术优势

采用核糖体去除、链特异性文库构建、以及RNase R消化方案,既能获取完整的环状RNA和线性RNA序列,也可以仅保留环状RNA序列。能够分析ceRNA调控机制。

 

组织样品 

1.动物组织:>2g;

2.植物组织:>4g;

3.细胞培养:>1*107个;

4.血液样品:≥2ml。

 

RNA样品

1.请提供浓度≥ 200ng/μL,总量≥10μg的RNA;

2 .OD260/280介于1.8~2.2之间,OD260/230≥2.0,RIN≥6.5,28S:18S≥1.0,确保RNA无降解;

 

cDNA样品

1.样品需求量(单次): 建议送样量≥2μg,对于总量≥500ng的样本可以采用风险建库

2.样品浓度: 最低10ng/μL

3.样品纯度:OD260/280=1.80-2.00,RIN≥6.5

 

建库测序

建库:去除rRNA链特异性建库,或者去除rRNA线性消化链特异性建库

测序策略:Illumina PE测序(150×2)

测序数据量:去除rRNA链特异性建库≥12G,线性消化建库6-8G

 

生信分析:

 

circRNA测序

 

参考文献:

Zheng Qiupeng, Bao Chunyang, Guo Weijie,et al. Circular RNA profiling reveals an abundant circHIPK3 that regulates cell growth by sponging multiple miRNAs[J].Nature Communications, 2016, 7.

 

本研究利用RNA-seq技术,采用去除rRNA的方式建库分析来自6个正常组织(脑、结肠、心脏、肝、肺、胃)和7个癌症组织(膀胱尿路上皮癌、乳癌、结直肠癌、肝癌、胃癌、肾透明细胞癌、前列腺癌)的circRNA。研究发现了67,358个潜在的circRNA,其中27,296含有至少两个unique back-spliced reads。许多circRNA在正常组织与癌症组织中具有表达差异(图1),同时发现了一个丰富的环状RNA circHIPK3,来自 HIPK3 基因Exon2。沉默circHIPK3以后,发现人类细胞的生长受到显著的抑制。通过荧光素酶筛选实验发现,circHIPK3具有18个miRNA bind sites(图2)。circHIPK3能够直接结合 miR-124,抑制 miR-124的活性。

 

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