SMRT测序技术具有超长读长,还拥有不需要模板扩增、运行时间较短、直接检测表观修饰位点等特点。它弥补了第二代测序读长短、受GC含量影响大等局限性,已在小型基因组从头测序和组装中有较多应用。
技术特点
1. 测长很长,主力的测长可以达到8kb
2. 可以直接测出碱基修饰,当聚合酶遇到模板上甲基化的A、C等碱基时,聚合的速度明显变慢,并且光谱特征发生改变。这使直接测甲基化变得很容易
3. 对GC含量的偏向性小,可以轻松读到高GC的区段
4. 测序速度快,上机时,1秒钟测3个碱基。3个小时可以完成一个run。
实验流程
三代单分子测序服务

样本要求:
收集细胞后,液氮速冻,-80℃保存,干冰运输
测序平台:
pacbio sequel
数据量:
平均读长 3-12 Kb 0.5-1.2G/Cell
分析流程:
标准分析
(1)数据过滤及比对
(2)ChIP分布趋势分析
高级分析
(3)Peak富集注释
(4)结合峰motif分析
(5)基于peak的多样品间差异分析
参考文献:
Analysis of the Gut Microbial Diversity of Dairy Cows During Peak Lactation by PacBio Single-Molecule Real-Time (SMRT) Sequencing
探讨了奶牛哺乳高峰期肠道微生物区系的多样性,共获得32,670个高质量的16S rRNA基因序列,隶属于12门,59科,107属,162种。第一门(83%)为优势门,类杆菌(6.16%)为优势属。所有样品均表现出较高的微生物多样性,具有众多的短链脂肪酸(SCFA)产区。相对于已鉴定的核心肠道微生物,SCFA的产生者所占的比例相对较高。此外,预测的功能代谢体与能量代谢密切相关。

奶牛粪便中优势菌群组成(a)及奶牛优势肠相对丰度的热图物种级微生物群(b)
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