SMRT测序技术具有超长读长，还拥有不需要模板扩增、运行时间较短、直接检测表观修饰位点等特点。它弥补了第二代测序读长短、受GC含量影响大等局限性，已在小型基因组从头测序和组装中有较多应用。

技术特点

1. 测长很长，主力的测长可以达到8kb

2. 可以直接测出碱基修饰，当聚合酶遇到模板上甲基化的A、C等碱基时，聚合的速度明显变慢，并且光谱特征发生改变。这使直接测甲基化变得很容易

3. 对GC含量的偏向性小，可以轻松读到高GC的区段

4. 测序速度快，上机时，1秒钟测3个碱基。3个小时可以完成一个run。

实验流程

三代单分子测序服务

样本要求：

收集细胞后，液氮速冻，-80℃保存，干冰运输

测序平台：

pacbio sequel

数据量：

平均读长 3-12 Kb   0.5-1.2G/Cell

分析流程：

标准分析

（1）数据过滤及比对

（2）ChIP分布趋势分析

高级分析

（3）Peak富集注释

（4）结合峰motif分析

（5）基于peak的多样品间差异分析

参考文献：

Analysis of the Gut Microbial Diversity of Dairy Cows During Peak Lactation by PacBio Single-Molecule Real-Time (SMRT) Sequencing

探讨了奶牛哺乳高峰期肠道微生物区系的多样性，共获得32，670个高质量的16S rRNA基因序列，隶属于12门，59科，107属，162种。第一门(83%)为优势门，类杆菌(6.16%)为优势属。所有样品均表现出较高的微生物多样性，具有众多的短链脂肪酸(SCFA)产区。相对于已鉴定的核心肠道微生物，SCFA的产生者所占的比例相对较高。此外，预测的功能代谢体与能量代谢密切相关。

奶牛粪便中优势菌群组成（a）及奶牛优势肠相对丰度的热图物种级微生物群（b）

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