产品服务

三代单分子测序服务

SMRT测序技术具有超长读长,还拥有不需要模板扩增、运行时间较短、直接检测表观修饰位点等特点。它弥补了第二代测序读长短、受GC含量影响大等局限性,已在小型基因组从头测序和组装中有较多应用。

 

技术特点

1. 测长很长,主力的测长可以达到8kb

2. 可以直接测出碱基修饰,当聚合酶遇到模板上甲基化的A、C等碱基时,聚合的速度明显变慢,并且光谱特征发生改变。这使直接测甲基化变得很容易

3. 对GC含量的偏向性小,可以轻松读到高GC的区段

4. 测序速度快,上机时,1秒钟测3个碱基。3个小时可以完成一个run。

 

实验流程:

三代单分子测序服务

三代单分子测序服务

 

样本要求:

收集细胞后,液氮速冻,-80℃保存,干冰运输

测序平台:pacbio sequel

数据量:平均读长 3-12 Kb   0.5-1.2G/Cell

 

分析流程:

标准分析

(1)数据过滤及比对

(2)ChIP分布趋势分析

 

高级分析

(3)Peak富集注释

(4)结合峰motif分析

(5)基于peak的多样品间差异分析

 

参考文献:

Analysis of the Gut Microbial Diversity of Dairy Cows During Peak Lactation by PacBio Single-Molecule Real-Time (SMRT) Sequencing

 

探讨了奶牛哺乳高峰期肠道微生物区系的多样性,共获得32,670个高质量的16S rRNA基因序列,隶属于12门,59科,107属,162种。第一门(83%)为优势门,类杆菌(6.16%)为优势属。所有样品均表现出较高的微生物多样性,具有众多的短链脂肪酸(SCFA)产区。相对于已鉴定的核心肠道微生物,SCFA的产生者所占的比例相对较高。此外,预测的功能代谢体与能量代谢密切相关。

三代单分子测序服务

奶牛粪便中优势菌群组成(a)及奶牛优势肠相对丰度的热图物种级微生物群(b)


相关产品

  • 拜谱客服

  • 微信公众号

  • 电话咨询

    咨询电话:400-820-8531

请选择客服进行聊天

  • 微信公众号

    长按,识别二维码
点击电话进行一键拨打