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Chip-Seq服务

通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化和文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序,通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的 DNA 区段信息。

 

技术特点:

1. 能实现真正的全基因组分析。目前所能获得的芯片上固定的探针只能代表全基因组部分序列,所获得的杂交信息具有偏向性 、


2. 对于结合位点分析,ChIP-Seq 通过寻找“峰”,结合分辨率可精确到10~30 bp,而芯片上探针由于长度所限,无法精确定位,即使目前最高水平的商业芯片都无法提供可与ChIP-Seq 媲美的分辨率;


3. ChIP-seq可以通过分析重复序列的侧翼序列精确定位到基因组,这对分析基因组的重复区域(卫星序列)至关重要。

 

4. ChIP-on-chip芯片识别信号时,通常弱信号被丢弃,强信号达到饱和。信号强度被限定在量程内,导致一些具有生物学意义的峰无法发现,而ChIP-seq可以发现这些峰。

 

5. 实验所需样本数量。ChIP-on-chip 需要多达4~5 μg 的起始样本,在杂交之前需要进行LM-PCR,但可能导致背景增高,竞争性扩增等导致假阳性。

 

实验过程:

Chip-Seq服务

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样本要求:

细胞数:≥1X107

交联固定后干冰运输

 

测序平台:

HiSeq/Next Seq

 

数据量:

30M reads 

 

分析过程:

Chip-Seq服务

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标准分析

(1)数据过滤及比对

(2)ChIP分布趋势分析

 

高级分析

(3)Peak富集注释

(4)结合峰motif分析

(5)基于peak的多样品间差异分析

  

参考文献:

Integrative epigenomic analysis reveals unique epigenetic signatures involved in unipotency of mouse female germline stem cells

 

生殖干细胞是两代间的基因传递的关键。受精卵受精后是否能够获得生物全能性是很重要的,该研究运用ChIP-seq 、MeDIPseq及mRNA-seq对雌性生殖干细胞的调控机制进行了研究。通过对FGSCs和ESC进行表达水平分析、差异分析及功能分析等,为理解雌性小鼠生殖干细胞的表观遗传基本特征提供了基础。

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