4D--蛋白质组学

timsTOF Pro平台加持,开启高速度&高灵敏度&高通量&高覆盖度蛋白质组学

4D--蛋白质组学 

Bruker timsTOF Pro质谱平台

 

价格优惠:相比3D蛋白质组学,价格仅高500元

结果丰富:完善的质控与分析流程,精确匹配定制个性化分析报告

售后完善:专业小组指导数据挖掘,可指导文章写作思路和方法校对

产品全面:4D-label free、4D-DIA、4D-PRM、4D-修饰组学,近20种产品类型,国内相当丰富

 

 

完善的质控与分析流程,精确匹配定制个性化分析报告!

 标准分析主要结果展示

 

高级分析主要结果展示(功能上下调分析)

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              DA-score                                                                                        GSEA                                                                            SPIA

个性化分析主要结果展示(复杂关系可视化)

4D--蛋白质组学

                复杂热图         多比较组气泡图              桑基图                 circos圈图

 

 

拜谱生物20种4D产品,相当丰富!

4D-label free、4D-DIA、4D-PRM、4D-修饰组学!

拜谱生物4D--蛋白质组学产品概览


产品类型

采集模式

应用范围

4D

--

4D-label free

DDA+PASEF

适于各类样本,尤其是微量样品:细胞、血液、石蜡切片等

4D-DIA

DIA+PASEF

适于大规模样本研究:临床大对列样本等

4D-PRM

PRM+PASEF

非靶蛋白组学数据可靠性验证biomarker或功能验证

4D

--

4D-棕榈酰化

DDA+PASEF

癌症、心血管疾病、神经科学、病原体和寄生虫;植物生长和抗逆;食品安全检测

4D-亚硝基化

4D-氧化修饰

4D-广谱磷酸化

响应胁迫:信号转导、细胞周期、生长发育以及癌症机理等

4D-酪氨酸磷酸化

4D-甲基化

表观遗传:癌症、衰老、老年痴呆等疾病研究

4D-乙酰化

修饰“代谢酶”,调节代谢通路,在代谢疾病中普遍存在

4D-泛素化

真核生物胁迫响应:癌症、神经退行性疾病等研究

4D-糖基化

参与免疫应答、细胞凋亡及各种发病机理等生物学过程

4D-丙酰化

表观遗传、心血管疾病、代谢疾病、肿瘤、结核病、炎症、过敏性皮炎

4D-丙二酰化

4D-戊二酰化

4D-琥珀酰化

4D-磷酸化PRM

PRM+PASEF

非靶蛋白组学数据可靠性验证,biomarker或功能验证

4D-乙酰化PRM

4D-泛素化PRM

 

 

送样指导

样品类型

4D--蛋白质组学

4D-翻译后修饰蛋白质组学

动物组织

≥10mg

≥50mg

植物组织

≥100mg

≥250mg

细胞样品

≥3×10^6

≥1×10^7

血液、脑脊液等体液

≥50uL

体液不建议做修饰组学,推荐做血浆外泌体修饰组学

尿液

≥50mL

微生物类(菌类)

≥50mg

≥150mg

...

...

...

基于timsTOF Pro质谱平台,4D-蛋白质组学的核心技术

双TIMS分析器:捕集离子淌度谱 (Trapped Ion Mobility Spectrometry, TIMS)

扫描模式:同步累积连续碎裂 (Parallel Accumulation Serial Fragmentation, PASEF)


TIMS分析器增加了离子淌度(Ion mobility)分离维度

 

4D--蛋白质组学

第四维度离子淌度分离原理

4D--蛋白质组学

离子淌度是代表离子迁移速率特征的物理量。基于离子的形状和大小,不同肽段离子与气流的碰撞截面积(Collision cross section,CCS)不同。离子CCS小,迁移速率快;离子CCS大,迁移速率慢,使得m/z无法分离的肽段通过离子淌度差异得以准确高效分离。

Meier F, et al., Online Parallel Accumulation-Serial Fragmentation (PASEF) with a Novel Trapped Ion Mobility Mass Spectrometer. Mol Cell Proteomics. 2018.



双TIMS & PASEF分析流程

4D--蛋白质组学

色谱分离→TIMS1累积→TIMS2淌度分离→同步四极杆质量过滤器→高速碰撞碎裂→飞行时间质量分析器

 

PASEF技术:同步累积连续碎裂

肽段离子在TIMS1中累积并聚焦,在TIMS2中进行淌度分离并逐步释放,经四极杆选择后在碰撞池中碎裂。当肽段离子在TIMS2中分离释放时,TIMS1会同步累积后续离子,称为PASEF。PASEF技术使离子累积、淌度分离、四极杆选择能同步进行,实现近乎100%的离子利用率。

 


实验流程

4D--蛋白质组学

Meier F, et al., diaPASEF: parallel accumulation-serial fragmentation combined with data-independent acquisition. Nat Methods. 2020.

 

应用场景与技术优势

1.常规定量蛋白质组学                    

4D--蛋白质组学

近乎100%的离子利用率,更高的鉴定深度

扫描速度超过100Hz MS/MS,可对低丰度肽段多次选择并碎裂,提高低丰度肽段的谱图质量 

     

2.微量样品/单细胞蛋白质组学

4D--蛋白质组学

极高的灵敏度,更少的进样量

双TIMS与PASEF技术加持,灵 敏度全面提升,蛋白量仅需ng

 

3.临床大队列蛋白质组学                

4D--蛋白质组学

速度更快,重复性更好,稳定性更强         

速度提升使上机时长缩短,通量更高,有效降低空缺值使重复性更好,且仪器性能稳定  


 4.翻译后修饰(PTM)蛋白质组学

 

4D--蛋白质组学

 更强的分离能力,更高的准确度

 离子淌度CCS分离有效解决位点异构问题,使修饰位点鉴定更可靠

 

案例分析

案例一:新冠肺炎早期免疫抑制研究

基于4D--DIA蛋白质组学技术,发现新冠患者感染早期表现出免疫抑制。进一步分析中度和重度患者后,首次提出“两阶段”的发病机制。该研究为了解临床症状的分子机制以及后期治疗策略提供了基础。

4D--蛋白质组学4D--蛋白质组学

                         4D--DIA蛋白组研究思路                新冠肺炎发病机制的“两阶段”模型

 

Tian W, et al., 2020, Immune suppression in the early stage of COVID-19 disease. (nature communications, IF=14.9)

 

拜谱生物收样表下载:4D--蛋白质组学蛋白质组学送样表(拜谱生物).docx


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