DIA·植物磷酸化修饰组


磷酸化修饰是生物体内最广泛存在的一种P TM,迅速响应的可逆磷酸化是蛋白活性的分子开关,调节着植物生长分化、细胞间通信、环境响应等生命全过程。据报道,人体内有518种激酶,而植物中有1100多种,因此研究植物磷酸化是尤为必要的。2018年,国际著名植物生物学家朱健康研究组揭示了植物通过磷酸化修饰平衡生长发育和胁迫应答。

DIA·植物磷酸化修饰组


磷酸化修饰组研究应用

2020年,《Nature》报道了迄今为止最全面的拟南芥磷酸化图谱,30个 组织中共鉴定到43903个磷酸化位点。该文利用组学技术构建物种修饰图谱,  对其它植物研究也是极好的参照。

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拜谱生物与中科院逆境生物学研究中心合作数据大揭秘


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Total 流程优化


革命性样品制备方案——Total 流程优化


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拜谱生物超高深度DIA,重新定义磷酸化修饰蛋白质组


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研究思路:


DIA·植物磷酸化修饰组


文献案例


DIA·植物磷酸化修饰组

众所周知,植物激素在植物生长、发育以及响应环境刺激等广泛生理病理过程中发挥着关键作用。植物感知激素后,会刺激一系列转录重编程,最终改变细胞功能和植物行为。这是由高亲和力受体启动的, 通过蛋白质相互作用、翻译后修饰和转录因子活性调节进行信号转导,从而驱动基因表达的变化。茉莉酸 (JA) 作为一种关键的植物激素,调节着植物生育力、幼苗出苗、损伤响应以及生长与防御平衡等。目前,对茉莉酸体内受体及MYC2、MYC3等转录因子的调控机制已有报道,然而对植物响应 JA 的系统调控网络尚不清楚。在这里,该研究利用多组学分析来全面破译MYC2/MYC3 驱动的植物响应茉莉酸信号调控机制。

 

试验材料:拟南芥幼苗:野生型和myc2突变型;茉莉酸处理不同时间(0-24h)  

组学技术:ChIP-seq、转录组、组蛋白表观修饰、磷酸化修饰组、蛋白组

 

DIA·植物磷酸化修饰组



适用样本:

DIA·植物磷酸化修饰组

拜谱小结:

在现今植物研究中,基因表达层面的研究已然缺乏新颖性和完整性,进一步分析其下游蛋白及蛋白修饰变化对于功能调控的深入挖掘尤为重要,比如激素信号转导通常会改变下游蛋白质的磷酸化从而改变其活性,而不依赖于转录本表达。目前,拜谱生物重磅推出了“超高深度DIA·植物磷酸化修饰组”,最高鉴定位点数达5 0000+个,数据挖掘空间大, 并提供磷酸化位点信息、差异磷酸化肽段、motif分析、功能通路富集、蛋白互作网络图等一站式分析服务,全面解析植物磷酸化信号转导网络调控机制。

 

参考文献

[1].Mergner J et al., Mass-spectrometry-based draft of the Arabidopsis proteome. Nature. 2020.

[2].Wang P et al., Reciprocal Regulation of the TOR Kinase and ABA Receptor Balances Plant Growth and Stress

    Response. Mol Cell. 2018.

[3].Tan J et al., Data-Independent Acquisition-Based Proteome and Phosphoproteome Profiling Reveals Early Protein 

    Phosphorylation and Dephosphorylation Events in Arabidopsis Seedlings upon Cold Exposure. Int J Mol Sci. 2021.

[4].Hsu CC et al., Universal Plant Phosphoproteomics Workflow and Its Application to Tomato Signaling in Response 

    to Cold Stress. Mol Cell Proteomics. 2018.

 

[5].Bekker-Jensen DB et al., Rapid and site-specific deep phosphoproteome profiling by data-independent 

    acquisition without the need for spectral libraries. Nat Commun. 2020.

 

[6].D. Mehta et al., Direct data-independent acquisition (direct DIA) enables substantially improved label-free 

    quantitative proteomics in Arabidopsis.




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