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DIA(数据非依赖采集)蛋白质组分析可区分光化性角化病、鲍文氏病和皮肤鳞状细胞癌

Data independent acquisition proteomic analysis can discriminate between actinic keratosis,Bowen’s disease and cutaneous squamous cell carcinoma


期刊:Journalof Investigative Dermatology


实验背景


光化性角化病(AK)、鲍文氏病(BD)和皮肤鳞状细胞癌(cSCC)是异质性角化细胞的皮肤病变(KSL)。为了对这类皮肤肿瘤进行精准治疗,需要将这类疾病进行准确的分型


实验目的


利用SWATH-MS蛋白组学的方法,寻找生物标志物,以实现对皮肤疾病的准确分析。


技术路线(实验方案)


DIA(数据非依赖采集)蛋白质组分析可区分光化性角化病、鲍文氏病和皮肤鳞状细胞癌


实验结果


1)共鉴定到3574个蛋白质,差异分析,对于光化性角化病(AK)、鲍文氏病(BD)和皮肤鳞状细胞癌(cSCC)分别有1956个独有的差异蛋白;

2)在不同程度的cSCC肿瘤分化中,分别有11823017个蛋白可以作为高分化(WD)、中等分化(MD)和低分化(PD)的cSCC标志物;

3)生物信息学分析显示,AKcSCC病变与细胞凋亡减少有关,BD病变与DNA损伤修复通路的过表达有关。FGFR2选择性剪接、Rho GTPase信号转导和RNA代谢蛋白的差异表达与cSCC肿瘤分化水平有关;


部分结果展示

DIA(数据非依赖采集)蛋白质组分析可区分光化性角化病、鲍文氏病和皮肤鳞状细胞癌

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