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客户文献 | ​早期复发流产患者胎盘绒毛组织蛋白质表达的改变及生物信息学分析

早期复发流产患者胎盘绒毛组织蛋白质表达的改变及生物信息学分析

Proteomics and bioinformatics analysis of altered protein expression in the placental villous tissue from early recurrent miscarriage patients

期刊:Placenta

影响因子:2.434

 

反复流产(RM)影响5%的女性,它对女性有很大的负面影响。由于早期发育的复杂性,复发性流产的机制一直不清楚。假设胎盘异常导致早期复发性流产(ERM)。本研究的目的是利用蛋白质组学确定人胎盘绒毛组织中与ERM相关的因子。在平行分析中,这些蛋白质表达的差异对于了解复发性流产的综合病理机制是至关重要的。


本文采用iTRAQ标记定量蛋白质组学方法和(IPA)软件进行生物信息学分析。对正常妊娠和RM妊娠的人胎盘绒毛组织蛋白质组进行比较,进一步了解复发性流产的机制。确定了几种与早期发育有关的蛋白质,这些结果可能为人们对反复流产背后的机制提供了新的见解。拜谱生物参与了蛋白质组学测试分析工作。

 


技术路线

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实验结果



1.1胎盘绒毛组织的蛋白质谱


利用iTRAQ技术,在人胎盘绒毛中鉴定了2805个非冗余蛋白,这些蛋白具有高可信度(一个或多个独特的肽;FDR<1%)。其中,314种蛋白在两组间差异显著(≥1.3倍;t-检验;p<0.05),209种蛋白表达增加,105种蛋白表达降低。这些差异蛋白的层次聚类分析和前10位下调和上调蛋白列表如下:


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1.2蛋白质印记验证


 在iTRAQ分析之后,进行了蛋白质印记分析,以验证iTRAQ分析发现的关键蛋白质,这些差异表达的蛋白质与早期胚胎发育有关,包括:血管紧张素原(AGT)、MAPK14和凝血酶原(F2)可能会影响胚胎发育功能,如下图所示,蛋白印迹结果与iTRAQ结果基本一致。

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1.3差异表达蛋白质的生信分析


1.3.1下游效应分析

     通过IPA分析软件进一步分析表达变化的蛋白质,发现这些蛋白参与了“疾病与失调”和“生理系统发育与功能”。30种蛋白质与发育障碍有关(如下图)调节了“疾病与紊乱”:

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33种蛋白质与胚胎发育有关(如下图)调节了“生理-系统发育与功能”:




1.3.2上游调节因子分析

     基于33种与胚胎发育有关的蛋白质,IPA分析上游调节因子分别为miR-615、miR-637、miR-1275、β-雌二醇、地塞米松、阿霉素和脂多糖。作者用qPCR分析了三种miRNAs的表达(如下图):


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1.3.3网络分析

     为了更好地理解这些差异表达的蛋白质,使用网络分析对数据进行进一步分析。与“发育障碍”有关的30个差异表达的蛋白质也在其中,且核心蛋白是血管紧张素原(AGT)、MAPK14和凝血酶原(F2),这三种蛋白质也与早期胚胎发育有关。


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总结



这篇文章选取临床样本,采取常规的实验设计,得到的结果也经了WB和qPCR验证正确。文章中的生信分析部分采用医学分析软件IPA,是本文分析工作的亮点,找到的关键蛋白:血管紧张素原(AGT)、MAPK14和凝血酶原(F2)虽说与早期胚胎发育有关,但这些蛋白与早期复发性流产(ERM)的关系需要进一步研究来阐明作用。小编认为可以通过分析关键通路,再应用PRM靶向验证技术验证关键通路上的诸多蛋白进一步阐明通路机制。总而言之,就像作者说的那样,至2017年未有用胎盘绒毛组织蛋白组学涉及反复流产的报道,这篇文章填补了这一空白,为未来此疾病的研究提供了诸多线索,也对未用蛋白组学涉及其它临床疾病研究的老师、同学提供了一个文章思路。


文章来源:

https://doi.org/10.1016/j.placenta.2017.11.001

 

                                                                                                 

张思强 撰文

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