[拜谱聚焦]独家视角解析,一文了解7月各大期刊关于多组学研究相关进展


[拜谱聚焦]

7月多组学研究进展

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导读  

随着组学新技术的快速发展,疾病生物标志物的发现与应用、细胞类型与功能研究、个性化医学与精准医疗等成为了组学研究的重要方向,而整合多组学数据分析也成为了科学家们探索生命机制的新途径。作为一家具有超过15年多组学经验的领军企业,拜谱生物致力于聚焦行业、聚焦领域和聚焦热点,为大家带来每月一期的拜谱聚焦栏目!在此,小编整理了7月多组学研究部分重要进展。(欢迎补充)






本期文章目录


01

Sci Transl Med | 晚年痴呆风险的蛋白质标志物

02

Sci Transl Med | 肝癌类器官的药物蛋白质组学特征

03

Nat Cell Biol | 迁移体的形成是由鞘磷脂合酶2焦点的装配启动

04

Cancer Cell | 麦芽香肉杆菌抑制结肠直肠癌的机制研究

05

Cell | 单细胞空间转录组揭示猕猴皮层的细胞类型组织

06

Nat Neurosci | 抑郁样行为的雌性食蟹猴的小胶质细胞特异性反应

07

Nat Cancer |卵巢癌腹水对肿瘤原发灶及转移灶微环境的重塑作用

08

Nature | 人类母胎界面的空间分辨时间轴

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01

Sci Transl Med | 晚年痴呆风险的蛋白质标志物

2023年7月19日,美国国家老龄化研究所的KEENAN A. WALKER等人在Science Translational Medicine上发表了题为“Proteomics analysis of plasma from middle-aged adults identifies protein markers of dementia risk in later life”的研究文章。研究者使用一个大规模蛋白质组学平台来检测10981名中年人的4877种血浆蛋白与25年痴呆风险的相关性。作者最后选择了一组用于中年阿尔茨海默病(AD)和痴呆风险预测的候选标志物。该研究表明不同的生物学机制可能与AD的早期和后期临床前阶段有关,对晚年痴呆风险的防范具有重要的指导作用。

文献:Walker KA, Chen J, Shi L, et al. Proteomics analysis of plasma from middle-aged adults identifies protein markers of dementia risk in later life. Sci Transl Med. 2023;15(705):eadf5681. doi: 10.1126/scitranslmed.adf5681.







02

Sci Transl Med | 肝癌类器官的药物蛋白质组学特征

2023年7月26日,复旦大学高强教授课题组,联合中国科学院脑科学智能技术卓越创新中心孙怡迪课题组和上海药物研究所周虎课题组在Science Translational Medicine上发表题为“Pharmaco-proteogenomic characterization of liver cancer organoids for precision oncology“的研究论文,对65 个肝癌患者来源类器官(PDO)模型进行了全面的药物蛋白基因组学分析,基于蛋白质组学的特征建模重现了肝癌组织的蛋白基因组学分子分型,实现药物反应的高精准预测并评估了潜在的药物联合治疗方案,为临床患者选择和药物联合治疗提供指导。

文献:Ji S, Feng L, Fu Z, et al. Pharmaco-proteogenomic characterization of liver cancer organoids for precision oncology. Sci Transl Med. 2023;15(706):eadg3358. doi: 10.1126/scitranslmed.adg3358.





03

Nat Cell Biol | 迁移体的形成是由鞘磷脂合酶2焦点的装配启动

2023年7月24日,清华大学生命科学学院、膜生物学国家重点实验室俞立课题组在Nature Cell Biology发表了题为“The formation of migrasomes is initiated by the assembly of sphingomyelin synthase 2 foci at the leading edge of migrating cells”的研究论文。研究人员首先利用蛋白质组学数据与生信分析建立筛选文库,结合病毒介导的RNAi技术与高内涵成像,筛选迁移体生成相关基因。接着利用脂质组学比较迁移体与细胞膜的脂质差异,两部分的数据一致性地为课题细化了切入点:鞘脂代谢。本研究指明鞘磷脂合成酶2 (SMS2) 在迁移细胞前沿组装形成斑点,从而决定迁移体的生长位点。

文献:Liang H, Ma X, Zhang Y, et al. The formation of migrasomes is initiated by the assembly of sphingomyelin synthase 2 foci at the leading edge of migrating cells. Nat Cell Biol. 2023. doi: 10.1038/s41556-023-01188-8.







04

Cancer Cell | 麦芽香肉杆菌抑制结肠直肠癌的机制研究

2023年7月20日,香港中文大学于君等研究人员在Cancer Cell 发表了题为“Carnobacterium maltaromaticum boosts intestinal vitamin D production to suppress colorectal cancer in female mice”的研究论文,该研究发现在两种小鼠CRC模型中,给予麦芽香肉杆菌能以雌性特异性的方式减少肠道肿瘤的形成。研究结果显示雌激素通过增加与该细菌的DD-CPase结合的SLC3A2的结肠表达,增加了麦芽香肉杆菌的附着和定植。代谢组学和转录组学分析揭示了麦芽香肉杆菌灌胃小鼠肠道中维生素D相关代谢物丰度的增加和维生素D受体(VDR)信号的粘膜激活以肠道微生物组和VDR依赖的方式。总之,麦芽香肉杆菌以雌激素依赖的方式定植肠道,并与其他微生物一起增加肠道维生素D的产生,激活宿主VDR以抑制结直肠癌。 

文献:Li Q, Chan H, Liu WX, et al. Carnobacterium maltaromaticum boosts intestinal vitamin D production to suppress colorectal cancer in female mice. Cancer Cell. 2023;S1535-6108(23):00236-2. doi: 10.1016/j.ccell.2023.06.011.








05

Cell | 单细胞空间转录组揭示猕猴皮层的细胞类型组织

 2023年7月12日,中国科学院脑智卓越中心李澄宇等研究人员在cell杂志上发表了题为“Single-cell spatial transcriptome reveals cell-type organization in the macaque cortex”的文章。本研究通过对143个猕猴皮层区域进行大规模单核RNA测序和空间转录组分析,研究人员获得了264种转录组定义的皮层细胞类型的综合图谱,并绘制了它们在整个皮层的空间分布图。研究人员描述了谷氨酸能、GABA能和非神经元细胞类型的皮层和区域偏好,以及细胞类型组成和邻域复杂性的区域差异,并且发现在视觉和体感系统中各种细胞类型的区域分布与区域的分层水平之间存在关系。这些数据为理解灵长类大脑的演化、发育、衰老和发病机制提供了细胞和分子基础。

文献:Chen A, Sun Y, Lei Y, et al. Single-cell spatial transcriptome reveals cell-type organization in the macaque cortex. Cell. 2023;S0092-8674(23):00679-7. doi: 10.1016/j.cell.2023.06.009.



 





06

Nat Neurosci | 抑郁样行为的雌性食蟹猴的小胶质细胞特异性反应

2023年7月14日,重庆医科大学谢鹏等人在Nature Neuroscience发表了题为“Integrating spatial and single-nucleus transcriptomic data elucidates microglial-specific responses in female cynomolgus macaques with depressive-like behaviors”的文章,该研究使用单核RNA测序和空间转录组学分析了雌性食蟹猕猴的背外侧前额叶皮层与社会压力相关的抑郁样行为。该研究发现与抑郁样行为相关的基因表达变化主要发生在小胶质细胞中,研究报告了促炎小胶质细胞亚群在抑郁样条件下富集。单核RNA测序数据鉴定了6个与抑郁样行为相关的富集基因模块,这些模块通过空间转录组学进一步解析。本研究显示了细胞类型和皮层层特异性基因表达的变化,并确定了一种与雌性非人类灵长类动物抑郁样行为相关的小胶质细胞亚群。

文献:Wu J, Li Y, Huang Y, et al. Integrating spatial and single-nucleus transcriptomic data elucidates microglial-specific responses in female cynomolgus macaques with depressive-like behaviors. Nat Neurosci. 2023. doi: 10.1038/s41593-023-01379-4.






07

Nat Cancer |卵巢癌腹水对肿瘤原发灶及转移灶微环境的重塑作用

2023年7月24日,上海交通大学医学院附属新华医院汪希鹏团队,北京大学生物医学前沿创新中心张泽民团队以及上海交通大学医学院上海市免疫学研究所博士后李子逸等合作在Nature Cancer发表了题为“Single-cell analyses implicate ascites in remodeling the ecosystems of primary and metastatic tumors in ovarian cancer“的研究论文。该研究指出了腹水中记忆T细胞对肿瘤原发灶及转移灶免疫微环境的关键重塑作用,并揭示了不同部位肿瘤微环境中巨噬细胞功能表型和起源的异质性,为深入理解肿瘤腹水对肿瘤进展的影响以及后续进一步探索靶向肿瘤腹水的免疫治疗策略提供了一个全新的平台。

文献:Zheng X, Wang X, Cheng X, et al. Single-cell analyses implicate ascites in remodeling the ecosystems of primary and metastatic tumors in ovarian cancer. Nat Cancer. 2023. doi: 10.1038/s43018-023-00599-8. 







08

Nature | 人类母胎界面的空间分辨时间轴

2023年7月19日,美国斯坦福大学Michael Angelo等人在Nature杂志上发表了题为“A spatially resolved timeline of the human maternal–fetal interface”的文章。本研究采用多组学方法,并结合空间蛋白质组学和转录组学的优势,构建了妊娠前半期人类母胎界面的时空图谱。研究人员利用飞行时间多路离子束成像技术和 37 复合物抗体面板分析了妊娠 6 至 20 周期间 66 人完整蜕膜中的约 50 万个细胞和 588 条动脉,并将此数据集与共采集的转录组学图谱整合在一起。该研究结果表明妊娠年龄极大地影响了母体免疫细胞和基质细胞的频率,表达CD206、CD163、TIM-3、galectin-9和IDO-1的耐受性亚群在较晚的时间点变得越来越富集和共定位。

文献:Greenbaum S, Averbukh I, Soon E, Rizzuto G, et al. A spatially resolved timeline of the human maternal-fetal interface. Nature. 2023;619(7970):595-605. doi: 10.1038/s41586-023-06298-9.





拜谱小结

作为一个热点普及类栏目,我们将始终关注多组学研究领域的重要进展,让大家时刻了解最新的科学动态。在这个栏目中,我们将分享最前沿的研究成果和技术突破,助力广大读者了解和应用多组学技术,共同推动生命科学的发展。让我们一起探索多组学的潜力,揭开生命的奥秘!






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