Front Genet | 宁夏医科大学总医院发现乳腺癌诊断和预后的潜在生物标志物

腺癌是世界上第二高的癌症发病率。寻找生物标志物对诊断乳腺癌和预测乳腺癌患者的预后具有重要意义。PAIP2是一种多聚(A)结合蛋白的相互作用蛋白,可调节VEGF的表达。然而,PAIP2在乳腺癌进展中的可能作用尚不清楚。

2022年11月,宁夏医科大学总医院米成嵘教授团队在Frontiers in Genetics(IF=4.772)发表了题为“PAIP2 is a potential diagnostic and prognostic biomarker of breast cancer and is associated with immune infiltration”的文章。该研究利用RNA-seq差异分析、Transwell实验、Label free 非标记定量蛋白质组学等方法,以及联合临床数据分析,探讨了PAIP2作为诊断和预后的生物标志物的潜在价值,并可能预测免疫治疗的疗效,为后续研究PAIP2在乳腺癌中的作用提供参考。上海拜谱生物为该研究提供Label free 非标记定量蛋白质组学技术服务。


Front Genet | 宁夏医科大学总医院发现乳腺癌诊断和预后的潜在生物标志物

英文标题:PAIP2 is a potential diagnostic and prognostic biomarker of

breast cancer and is associated with immune infiltration(Frontiers in Genetics,IF=4.772,2022.11)

中文标题:PAIP2是一种潜在的与免疫浸润相关的乳腺癌诊断和预后生物标志物

客户单位:宁夏医科大学总医院

研究材料:兔淋巴液

拜谱提供技术:Label free 非标记定量蛋白质组学





研究结果


本文通过体外乳腺癌细胞检测、临床数据数比较分析探究PAIP2在乳腺癌中的表达,发现PAIP2在乳腺癌组织中的表达量高于正常乳腺组织。进一步机制研究发现PAIP2的表达有助于乳腺癌细胞的增殖与迁徙。

基于PAIP2在癌症组织(细胞)中的显著差异表现,作者为探究PAIP2在癌症进展中所表达到的功能作用以及涉及到的相关通路,通过构建PAIP2的高/低表达组提取兔淋巴液,结合拜谱生物提供的Label free非标记蛋白定量蛋白组学技术服务分析PAIP2相关通路富集(图1)。GO功能富集分析结果表明,生物学过程BP中,PAIP2主要参与了体液免疫应答、细胞识别和B细胞受体信号通路;细胞成分CC中,主要参与免疫球蛋白复合物、质膜外侧和免疫球蛋白的复合物;分子功能MF中,主要参与抗原结合、通道活性和被动跨膜转运体活性。KEGG通路富集分析结果表明,PAIP2主要参与体液免疫反应、对细菌的防御反应、细胞识别、B细胞激活、免疫反应激活细胞表面受体信号通路和免疫反应激活信号传递。GSEA结果显示,PAIP2高表达组B细胞受体信号通路的生物学过程活跃,PAIP2低表达组纤毛、角质化、免疫应答和免疫球蛋白复合物的生物学过程活跃。另外,在PAIP2高表达组中,神经活性配体受体相互作用、嗅觉转导、RNA降解、剪接体和泛素介导的蛋白水解均具有活性。


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图1 与PAIP2相关的富集分析

(图源:Chenyu Wang, et al., Front Genet, 2022)


此外,本文探讨了PAIP2作为诊断和预后的生物标志物的潜在价值,PAIP2的表达与乳腺癌患者年龄、分期显著相关,高表达PAIP2的乳腺癌患者表现出更好的预后效果。同时,本文探讨了PAIP2与肿瘤微环境、肿瘤免疫治疗、化疗药物敏感性等进行了相关性分析,预测免疫治疗的可能疗效。





拜谱小结


该研究使用公共数据库,结合细胞实验和蛋白质组学来评估PAIP2表达在预后和预测中的作用,探讨PAIP2作为乳腺癌靶向治疗的可能性。通过对蛋白质组学数据的生信分析,作者发现了PAIP2具有作为乳腺癌的诊断生物标志物和预后标志物的潜在价值,并可能预测乳腺癌免疫治疗的效果。拜谱生物提供的一系列蛋白组学产品,包括Label free蛋白质组学技术服务在内,均可帮助研究者进行蛋白质数据挖掘、蛋白质数据分析和蛋白质差异分析,常规以及个性化生信分析的可视化,帮助科学家们更好地理解蛋白质数据。此外,拜谱生物还可提供基因组学、代谢组学等多组学技术服务,助力科研,让科技服务于人类。欢迎咨询!


参考文献:Wang Chenyu,Jiang Xianglai,Qi Jiaojiao et al. PAIP2 is a potential diagnostic and prognostic biomarker of breast cancer and is associated with immune infiltration.[J] .Front Genet, 2022, 13: 1009056.


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