空间代谢组（Spatial Metabolomics）融合了质谱成像（Mass Spectrometry Imaging, MSI）和LC-MS代谢组技术，不仅可以检测样品中有什么物质、含量多少，还可以明确这些物质分布在哪，是对组织切片中的内源性代谢物或外源性小分子药物进行原位定性、定量、定位分析。空间代谢组基于质谱仪和质谱成像软件，通过测定质荷比（m/z）从而定位物质的空间分布，不需要同位素标记或染色等复杂的样品前处理过程，一次性可对成百上千种代谢物进行分子结构、表达丰度和空间定位分析。