超高深度DIA·植物磷酸化修饰组
Rapid and Site-specific Deep Plant Phosphoproteome by Direct DI
更高通量、更少样品量、更高效流程、更深分析空间
磷酸化修饰是生物体内最广泛存在的PTM，迅速响应的可逆磷酸化是蛋白活性的分子开关，调节着植物生长分化、细胞间通信、环境响应等生命全过程。2018年，朱健康和熊延研究组揭示了植物通过磷酸化修饰平衡生长发育和胁迫应答。
2020年，《Nature》报道了迄今一种为止最全面的拟南芥磷酸化图谱，30个组织中共鉴定到43903个磷酸化位点。该文利用组学技术构建物种修饰图谱，对其它植物研究也是极好的参照。
然而，该文的DDA方法存在局限
超高深度DIA完美解决以上痛点
磷酸化位点鉴定通量远远不够
新品优势：项目通量高达50000+个磷酸化位点
缺少位点定量差异分析
新品优势：5000+个差异位点数据挖掘空间大
未提及生物学重复效果
新品优势：DIA全息扫描，缺失值少，超高稳定性
缺乏对数据质控的详细描述
新品优势：富集效率稳定、MS1/MS2丰度趋势一致
适用样本：
模式植物：拟南芥、水稻、烟草等；
农作物：大豆、玉米、藜麦、棉花等；
果蔬植物：番茄、柑橘等；
药用植物：丹参、苜蓿等新鲜组织。
Zander M, Lewsey MG, Clark NM et al., Integrated multi-omics framework of the plant response to jasmonic acid. Nat Plants. 2020. (IF=15.793)
多组学联合解析植物响应茉莉酸信号的调控机制
试验材料：拟南芥幼苗：野生型和myc2突变型；茉莉酸处理不同时间（0-24h）
组学技术：ChIP-seq、转录组、组蛋白表观修饰、磷酸化修饰组、蛋白组
研究思路
JA基因调控网络
在现今植物研究中，基因表达层面的研究已然缺乏新颖性和完整性，进一步分析其下游蛋白及蛋白修饰变化对于功能调控的深入挖掘尤为重要，比如激素信号转导通常会改变下游蛋白质的磷酸化从而改变其活性，而不依赖于转录本表达。目前，拜谱生物重磅推出了“超高深度DIA·植物磷酸化修饰组”，最高鉴定位点数达50000+个，数据挖掘空间大，并提供磷酸化位点信息、差异磷酸化肽段、motif分析、功能通路富集、蛋白互作网络图等一站式分析服务，全面解析植物磷酸化信号转导网络调控机制。
1. Mergner J et al., Mass-spectrometry-based draft of the Arabidopsis proteome. Nature. 2020.
2. Wang P et al., Reciprocal Regulation of the TOR Kinase and ABA Receptor Balances Plant Growth and Stress Response. Mol Cell. 2018.
3. Tan J et al., Data-Independent Acquisition-Based Proteome and Phosphoproteome Profiling Reveals Early Protein Phosphorylation and Dephosphorylation Events in Arabidopsis Seedlings upon Cold Exposure. Int J Mol Sci. 2021.
4. Hsu CC et al., Universal Plant Phosphoproteomics Workflow and Its Application to Tomato Signaling in Response to Cold Stress. Mol Cell Proteomics. 2018.
5. Bekker-Jensen DB et al., Rapid and site-specific deep phosphoproteome profiling by data-independent acquisition without the need for spectral libraries. Nat Commun. 2020.
6. D. Mehta et al., Direct data-independent acquisition (direct DIA) enables substantially improved label-free quantitative proteomics in Arabidopsis.